Die gotische obere Kapelle datiert vom Ende des 15. Jahrhunderts. Nur die drei Rundbögen die zu der Seitenkapelle des Hl. Kreuz Zugang verleihen sind ein Überbleibsel von der ursprünglichen romanischen oberen Kapelle. Die Glasmalereien in dem Chor stammen aus dem Jahr 1845 und stellen in chronologischer Reihenfolge die Fürsten vor, die über die Grafschaft Flandern herrschten beginnend bei Philipp dem Kühnen, Herzog von Bourgund (1342-1404), bis Maria-Theresia, Kaiserin von Österreich (1717-1780).

Zu beiden Seiten des Hauptaltars bemerkt man die typischen Ehrenzeichen einer Basilika: das Tintinnabulum oder die kleine Glocke in einem verzierten Rahmen und das Conopeum oder halb heruntergeschlagener Sonneschirm in gelber und roter Seide. Der originale Predigtstuhl wurde von dem Bildhauer Hendrik Pulinckx 1728 in der Form einer Weltkugel hergestellt : Gottes Wort, das von dem Predigtstuhl verkündet wird, muss die ganze Welt erreichen.

Die große Wandmalerei hinter dem neogotischen Hauptaltar wurde 1905 hergestellt. Der obere Teil stellt des Mysterium des Kreuzes dar, wo Christus sein Blut vergossen hat.

Auf dem Hintergrund sieht man links, Bethlehem, seinen Geburtsort und rechts, Jerusalem, wo er gestorben ist. Die untere Szene zeigt wie Dietrich von Elsass die Heiligblutreliquie aus den Händen des Patriarchen von Jerusalem empfängt und wie er, in Brügge angekommen und mit neben ihm die Gräfin Sybilla, die Reliquie dem Kaplan anvertraut.

Der kleine Altar mitten in hem Chor ist mit einem Reliefbild aus Alabaster verziert das das Letzte Abendmahl darstellt und vom Beginn des 17. Jahrhunderts datiert. Zwischen Chor und Schiff steht eine eichenhölzerne Kommunionbank (17. Jh.), verziert mit Laubwerk und skulptierten Büsten von Heiligen.

Der Altar aus weißem Marmor in der Hl.-Kreuz-Kapelle ist das Werk (1751) von Laurent Delvaux. Die zwei knieenden Engel sind von Pieter Pepers und der silberne Tabernakel von dem Brügger Edelschmied Ryelandt.
Rechts neben dem Altar bemerkt man eine Malerei auf Leinwand, die Kreuzabnahme (1649), die Jakob von Oost zugeschrieben wird und von Caravaggio beeinflusst ist.